Trajekti često prolaze ispod radara kada govorimo o emisijama, ali analiza koju je provela europska udruga Transport and Environment stavila ih je u središte pozornosti zbog njihovog utjecaja na klimu i, prije svega, zagađenja koje stvaraju u lučkim gradovima. Organizacija procjenjuje da je 1043 trajekta koji prometuju u Europi 2023. godine emitiralo oko 13,4 milijuna tona CO₂-a, što je ekvivalent godišnjim emisijama 6,6 milijuna automobila.
Najneugodnija rasprava nastaje kada se fokus preusmjeri s emisija CO₂-a na kvalitetu zraka u luci. Tu dolaze do izražaja sumporni oksidi, posebno štetni zagađivač povezan s korištenjem brodskih goriva. U nekoliko europskih gradova trajekti generiraju više emisija SOx nego svi automobili koji voze u istim tim gradovima zajedno. Barcelona se u ovoj usporedbi jasno ističe, s procijenjenih 1,8 puta više SOx od ukupnog cestovnog prometa grada. Istovremeno, Barcelona se pojavljuje i na ljestvici luka s najvećim emisijama CO₂ povezanim s trajektnim prometom, što je u skladu s volumenom veza i aktivnostima.
Trajekti provode većinu vremena u blizini obale i luka, pa čak i kada su usidreni, mogu nastaviti trošiti gorivo za proizvodnju električne energije. To znači da su emisije koncentrirane u područjima vrlo blizu gusto naseljenih naselja, upravo tamo gdje su utjecaj na zdravlje i percepcija javnosti najveći. Stoga izvješće naglašava da se problem ne može riješiti isključivo poboljšanjem učinkovitosti, već mjerama koje smanjuju emisije na izvoru, kada se brod nalazi na najproblematičnijoj lokaciji. Posljednjih mjeseci došlo je do značajnih regulatornih promjena. Od svibnja 2025. Mediteran primjenjuje strože ograničenje sumpora u gorivu, što pomaže u smanjenju određenog onečišćenja. Unatoč tome, T&E ističe da je granica za pomorski promet i dalje niža od one za automobilski sektor u jednakim uvjetima te da u lukama s velikim prometom obujam aktivnosti i dalje može biti značajan čimbenik čak i s čistijim gorivima.
T&E tvrdi da bi značajan dio flote mogao raditi na baterijsko-električni pogon do 2035. godine te da bi elektrifikacija, uz hibridizaciju, omogućila značajno smanjenje CO₂, kao i izravne koristi u razinama zraka i buke u lukama. Usko grlo, kao što je gotovo uvijek slučaj, je infrastruktura. Da bi promjena bila brza, brodovi moraju biti u mogućnosti priključiti se na struju dok su u luci i ugasiti svoje motore.
